W latach 1989-1991 był wikariuszem w parafii farnej w Bydgoszczy i jednocześnie sekretarzem rezydującego tam gnieźnieńskiego biskupa pomocniczego Jana Nowaka, wikariusza biskupiego dla miasta Bydgoszczy. Dekretem Prymasa Polski w 1991 roku skierowany został na studia specjalistyczne z zakresu teologii moralnej w Wyższym Instytucie Teologii Moralnej Papieskiego Uniwersytetu Laterańskiego w Rzymie. W latach 1991-1993 odbył studia licencjackie, ukończone dnia 20 czerwca 1993 roku tytułem licencjata teologii moralnej. Studia doktoranckie uwieńczył 13 listopada 1995 roku obroną pracy doktorskiej na temat: Chiesa, peccato, riconciliazione. Il rapporto tra l'ecclesiologia e la dimensione ecclesiale del peccato e della riconciliazione nell'insegnamento del Magistero postconciliare, przygotowaną pod kierunkiem o. prof. Bruno Hidbera CSSR;  została ona opublikowana w 1996 roku. Dnia 20 czerwca 1996 roku otrzymał dyplom doktora teologii moralnej.

Abp Henryk Muszyński, metropolita gnieźnieński 1 września 1995 roku mianował go prefektem Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie oraz wykładowcą teologii moralnej w tymże seminarium oraz w Prymasowskim Instytucie Teologicznym w Gnieźnie i Prymasowskim Instytucie Kultury Chrześcijańskiej w Bydgoszczy. Od 1 października 1996 roku podjął także wykłady z teologii moralnej ogólnej i szczegółowej w WSD Misjonarzy Ducha św. w Bydgoszczy.

W dniu 1 grudnia 1998 roku powołany został przez Prorektora Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu na stanowisko adiunkta w Zakładzie Teologii Moralnej i Duchowości Wydziału Teologicznego tejże uczelni. Od 1 sierpnia 1999 roku został rektorem Prymasowskiego WSD w Gnieźnie i pełnomocnikiem dziekana Wydziału Teologicznego UAM ds. organizacji studiów w Sekcji w Gnieźnie. Był rektorem kościoła św. Jerzego na Zamku Gnieźnieńskim i kanonikiem gremialnym Kapituły Kolegiackiej. W marcu 2003 roku wybrany został jej prepozytem. Był członkiem Kolegium Konsultorów i zastępcą redaktora Studia Gnesnensia. Z urzędu, jako rektor seminarium, wchodził również w skład Rady Duszpasterskiej i Rady Kapłańskiej, której był sekretarzem.

8 kwietnia 2003 roku Jan Paweł II mianował go biskupem pomocniczym archidiecezji gnieźnieńskiej; jego stolicą tytularną było Monte di Numidia. 4 maja 2003 roku w katedrze gnieźnieńskiej konsekrowany został na biskupa przez abp. Henryka Muszyńskiego. Od 8 maja 2003 roku pełnił funkcję wikariusza generalnego archidiecezji gnieźnieńskiej, przewodniczącym Wydziału Katechizacji i Szkół Katolickich Kurii Metropolitalnej Gnieźnieńskiej, przewodniczącym Referatu ds. Zakonnych i przewodniczącym Referatu Duszpasterstwa Młodzieży. 21 czerwca 2003 roku mianowany został dyrektorem Archidiecezjalnego Studium Pastoralnego dla Kapłanów i członkiem Rady Programowej Studium. Z dniem 1 stycznia 2004 roku powołany na przewodniczącego Rady Wydawniczej Prymasowskiego Wydawnictwa Gaudentinum, a po jej reorganizacji, z dniem 1 marca 2005 r.  został ustanowiony przewodniczącym Rady Ekonomicznej tegoż wydawnictwa.

W Konferencji Episkopatu Polski w 2005 roku został wybrany odpowiedzialym za duszpasterstwo powołań w Polsce, gdzie kieruje m.in. pracami Krajowej Rady Duszpastertwa Powołań. Udział w prcach Europejskiego Centrum Powołań spowodował, że Konferencja Episkopatów Europy (CCEE) wybrała go w 2006 roku jednocześnie delagatem CCEE do spraw powołań w Europie oraz przewodniczącym EVS (Europejskiego Centrum Powołań). W kolejnych latach został członkiem Komisji ds. Duchowieństwa, Komisji Charytatywnej i Rady ds. Młodzieży przy KEP. W czasie 349. posiedzenia plenarnego KEP, 7 października 2009, został wybrany członkiem Rady Stałej, a podczas kolejnego posiedzenia na Jasnej Górze, 26 listopada Delegatem Konferencji Episkopatu Polski ds. Duszpasterstwa Emigracji. W związku z tym był wiele razy zapraszany przez Polonię w różnych krajach z posługą duszpasterską.

Z doświadczeń zdobytych w czasie siedmioletniej posługi biskupiej mógł skorzystać, gdy w wieku 47 lat został sekretarzem generalnym KEP w październiku 2011 r. w czasie 356. Zebrania Plenarnego w Przemyślu. Po wybraniu go na sekretarza generalnego KEP podkreślał, że nowe zadanie podejmuje przede wszystkim jako służbę.

W tym duchu, wraz z Prezydium Episkopatu, kontynuował  rozmowy z przedstawicielami Kościoła Prawosławnego Rosji. Ich rezultatem było Wspólne Przesłanie o Pojednaniu Narodów Rosji i Polski podpisane przez abp. Józefa Michalika i patriarchę Cyryla. Rok później została podpisana podobna deklaracja, tym razem polsko-ukraińska.

Jako biskup starał się przybliżyć pracę konferencji biskupów w wykładach na wyższych uczelniach oraz poprzez Dzień Otwartych Drzwi na 30-lecie budynku Sekretariatu Episkopatu. Rok temu gościł w Warszawie sekretarzy generalnych Europy na dorocznym spotkaniu, a z wieloma z nich utrzymywał stałe kontakty.

Z bp. Polakiem, jako sekretarzem generalnym KEP, wiele razy kontaktowali się przedstawiciele parlamentu i rządu RP. Brał on też czynny udział w pracach Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu. W ramach Kościelnej Komisji Konkordatowej uczestniczył w pracach w sprawie przekształcenia Funduszu Kościelnego.

Kierował pracami Sekretariatu KEP. Spod jego pióra wychodziły propozycje telegramów, oświadczeń i komunikatów, wraz ze współpracownikami opracował szereg dokumentów Episkopatu. Zajmował jednoznaczne stanowisko w sprawach pedofilii.  W czasie jego kadencji został m.in. powołany koordynator ds. ochrony dzieci i młodzieży przy KEP.

Nawet w czasie pobytu w Warszawie wspierał w pracy duszpasterskiej Prymasa Polski w swej macierzystej diecezji gnieźnieńskiej. Był współorganizatorem pielgrzymki biskupów do Ziemi Świętej w 2013 r. Jednym z ostatnich jego pomysłów duszpasterskich było zorganizowanie cyklu kazań rekolekcyjnych w okresie tegorocznego Wielkiego Postu. Rok temu w Kostrzynie nad Odrą głosił katechezy na Przystanku Jezus. Wiele razy brał udział w spotkaniach młodych nad Lednicą.

Przez blisko dwa i pół roku współpracował z abp. Józefem Michalikiem jako przewodniczącym KEP, a ostatnie dwa miesiące – z nowo mianowanym abp. Stanisławem Gądeckim, który w czasie jego studiów przez trzy lata był jego wicerektorem w seminarium duchownym w Gnieźnie, a w 2003 roku współkonsekrował go na biskupa.

Abp Wojciech Polak chętnie rozmawia z dziennikarzami, gromadzi ich wokół siebie, słucha ich opinii. Po 2,5 roku pracy jako sekretarz generalny Episkopatu wraca do swojej diecezji. W wieku 49 lat został arcybiskupem metropolitą gnieźnieńskim i prymasem Polski.

Źródło: Episkopat Polski